之前提到，当越前朝仓家在应仁．文明之乱期间崛起，一跃成为越前国的支配者的时候，在越前北方的加贺却陷入守护富樫家与当地的加贺本愿寺门徒的斗争，最后富樫家被打败后，加贺国成为了无守护治理的“百姓之国”，直接由本愿寺门徒领头管治。
这次加贺国内乱也波及到了加贺北邻的能登国以及东邻的越中国，更在后来演变成为让北陆道五国（越后、越中、能登、加贺、越前）的武士领主极为头痛的祸患。其中，兼任越中及能登两国守护的畠山家因为其身份的关系，一直受到地方与京畿两地的*局影响，忙得不可开交。但是，畠山家仍然一直努力维持着对两地的支配，直至后来上杉谦信崛起为止。
畠山家本是室町将*足利家的远亲一门，第三代将*足利义满即位后不久发生的康历*变（康历元年＝一三七九）中，原本辅助义满的管领细川赖之被不满他的*敌排斥，被迫下野，管领之位由另一个足利家一门支族斯波家接替。斯波家后来为了得到越前这块祖宗发祥之地，于是向当时担任越前国守护的畠山家提出交换领国的建议，自此，畠山家便成为了越中国的守护。后来，足利义满成长之后，为了防止斯波家独大，除了重新起用细川家外，还提拔畠山家共同辅*，受惠于义满的赏识，畠山家除了越中国之外，先后又获得许可，兼任河内、能登及纪伊，合共四国的守护职，在应永五年（一三九八）更首次获任命为管领，与细川家和斯波家轮流担任将*首辅之职“管领”之位，自此三家便被称为“三管领”家。
担任管领之后，畠山家便长期驻京辅*，无法全力管治四个领国，所以，担任管领的畠山家宗家（以下称“管领畠山家”）保留了位于畿内的河内及纪伊的直接统治，剩下的能登国及越中国之中，越中国也以管领畠山家派遣家臣代理的方式，作间接的统治，能登国则由同族的能登畠山家全权管治，成为能登国的守护代。
后来，管领畠山家的继承权问题，成为引发应仁文明之乱的导火线之一。事缘当时的当家兼管领畠山持国因为先后指定独子义就以及末弟义富为继承人，在他死后两人便爆发了争执，能登畠山家自然也被卷入其中。最终，应仁文明之乱不了了之地结束后，两派阵营的对立依然持续，丝毫没有解决的迹象。
其中一方庶出的畠山义富之子．畠山*长在乱中及乱后一直与幕*的中心人物细川*元保持合作，*长希望利用权倾幕府的细川*元确立自己继承畠山家宗家的地位。可是，两人的关系到了明应元年后便出现了问题。当时，九代将*足利义尚死后，由他的堂弟义稙继任为将第十代将*。义稙登位后，显现了要承继义尚重振幕府的遗志，征伐不服从幕府的诸侯大名，如近江六角家。
畠山*长于是鼓动义稙出兵攻打死对头畠山基家（义就之子），作为重振幕府威信的一环。可是，*长的举动在细川*元眼里就是一个冒进，而且威胁到自己权势的危险行为。因为*元不希望看到分裂的畠山家合而为一，重新恢复力量，影响到他独揽幕*的优势。加上*元与义稙一开始便不和，两人紧密合作更使*元不安。明应二年（一四九三）三月，*元与同样不满义稙的前将*夫人日野富子发动了*变，突然出兵抓住了义稙，又逼死了畠山*长，解除了威胁隐患。
然而，果断行事的细川*元最终百密一疏，结果让义稙趁乱逃到越中避难，一待就待了五年。在这期间，义稙一直呼吁各地诸侯大名起兵“勤王”，其中，与义稙一起被*元打败，最终兵败而死的畠山*长之子畠山尚顺、防长的大内*弘响应了义稙的号召，三方积极合作，企图围堵*元，以及*元在*变后拥立的新将*足利义澄。两派阵营，两个将*为了打倒对方不断拉帮结*，引起了超越应仁文明之乱的大范围的分裂对立，波及日本大部分的地区。
这时候的能登畠山家虽然也响应了义稙的呼吁，但事实上能登畠山家属于支持畠山基家的一派，即与畠山尚顺属于对立的关系。像这样利益立场不同的大名虽然加入到义稙阵营里，但事实上各怀*胎，没有一致的行动方向，加上义稙阵营的核心成员畠山尚顺和大内*弘相距遥远，很难及时做出调整及配合，反击细川*元的行动一直只是雷声大雨点小。
能登畠山家其实也是自顾不暇，当时能登畠山家的当家畠山义元在明应六年接任后，适逢能登国内发生一连串的天灾，台风、洪水后，又出现旱灾、农作物失收的多重打击下，义元一直忙不过来，能登畠山家事实上无法为义稙提供支援。明应七年（一四九八），义稙在越中一直看不到进展，于是转到越前国，投靠朝仓家，明应八年（一四九九）十一月曾尝试举兵返京，但被支援细川*元的六角高赖率兵阻截，最终失败而回。无奈之下，义稙远赴西国，投靠了大内义兴，继续寻求东山再起的机会。
义稙第一次反击失败后，原本拥护他复位的能登畠山家也受到影响，为免被细川*元盯上，能登畠山家在明应九年（一五零零）爆发分裂，拥护义稙的义元被迫下台，逃到越后国，由温和派的弟弟畠山庆致接任守护职。畠山庆致就任当家初期，一直主力于平复赶走兄长引起国内不安的问题。为此，庆致积极向朝廷及幕府招手，希望他们承认自己的继承权。朝廷态度开放，但幕府则始终冷待庆致。不止如此，眼见流亡的足利义稙一直在外地招揽*羽，以便东山再起，*治上行事果断狠辣的细川*元当然不会就此放任不管，进入永正元年（一五零四），*元便进行了大规模的反击行动。
日本战国：本愿寺叛乱逼死加贺国守护，野心膨胀发兵三万攻打朝仓